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陰極發光顯微系統廣泛應用于沉積學、對沉積巖、變質巖、巖漿巖三大巖系均有重要作用。通過在陰極發光下特有的顏色和結構特征能夠進行基礎的礦物鑒定，進一步分析礦物的環帶構造及形成機理，以及礦物的成因鑒別、先后形成世代研究等等
同時陰極發光顯微分析也是鋯石、磷灰石等U-Pb定年分析中所必須的手段，大視域真彩色的CL圖像，對于礦物分析，揭示元素含量以及比例提供了必要的手段。
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